Pyhän Nikolauksen seurakunta hallinnoi omaa hautausmaata.
Pyhän Nikolauksen seurakunnan hautausmaan hautauksen ja ylläpidon säännöt.
Vuonna 1931 Kirkkoneuvosto jätti hakemuksen Helsingin kaupunginhallitukselle seurakunnan hautausmaan kaavoittamisesta vanhan venäläisen sotilashautausmaan alueelle. Vuoden 1935 toukokuussa neuvottelut päättyivät myönteiseen päätökseen ja seurakunnan hautausmaan perustamiseen.
Arvokkaan tuen hautausmaan perustamisessa 
seurakunnalle antoi baroni R.A.Shtakelberg, joka oli Venäjän kolonna Suomessa –yhdistyksen puheenjohtaja. Uskonnon puolesta luterilainen Rudolf Aleksandrovich oli ennen vallankumousta seremoniamestari Suuren Keisarin Hovissa. Hautausmaan neuvottelut tapahtuivat käytännössä hänen johdolla. Hän kuoli 03.09.1940 60 vuoden iässä ja hänet haudattiin seurakuntamme hautausmaalle.
Ensimmäiset hautaukset toimitettiin hautausmaalla 
vuonna 1938. Samana vuonna hautausmaalle rakennettiin ja pyhitettiin Nikolaoksen kirkko.
Alttariapsiksella on marmorilaatta tässä haudattujen venäläisten sotilaiden muistoksi, jossa on kaiverrettu rukouksen sanat: ”Muista valtakunnassasi, Herra, täällä lepäävät sotilaat, joiden nimet sinä tunnet”.
Toinen sotilaskunnian muistomerkki asennettiin Pyhän Nikolauksen ja Pokrovan seurakuntien kaatuneiden sotilaiden muistoksi, jotka kuolivat puolustaessaan Suomen vapautta ja itsenäisyyttä vuosina 1939-1944. Tämä muistomerkki rakennettiin seurakuntalaisten omin varoin. Latinalainen teksti ”Pro Patria” tarkoittaa ”Kotimaan puolesta”. Siinä on pronssilaatta, johon on valettu menehtyneiden nimiä. Yhdessä sotilashaudassa on myös haudattu Viipurin Pokrovan seurakunnan kirkkoherran oma poika, kemian opiskelija Vladimir Gregorjevich Svetlovsky. Myöhemmin sen viereen haudattiin myös isä Grigori ja hänen perheensä muita jäseniä.
Vuonna 2001 asennettiin vielä yksi 
sotilasmuistomerkki Venäjän Keisarikunnan sotureiden veljeshaudan paikalle. Tämä muistomerkki on Venäjän sotilaspiirien aloitteesta Venäjän Suurlähetystön Suomessa tukema kunnianosoitus Venäjän Federaation suunnasta.
Seurakunnan hautausmaalla ovat haudattuja Pyhän Nikolauksen ja Pokrovan seurakuntien papit sekä näkyvimmät venäläisemigranttit.
Venäläisille, pyhiinvaeltajille ja turisteille Suomessa, tämä hautausmaa on muodostunut erääksi vaelluskohteeksi.
Hautasmaan polkuja kulkien ei voi olla pysähtymättä rukoilemaan ikuista muistoa ja rauhaa Jumalan palvelijoille rovasti Nikolai Shukinille, rovasti Gregori Svetlovskille, Pavel ja Ekaterina Moshkareveille sekä Aleksander ja Aleksandra Vasiljeveille. Muistamme myös kiitollisuudella kaikkia kirkon luomistyöhön osallistuneita. Heidän joukossa on seurakunnassa palvelleita pappeja ja diakoneja. Valoisana muistona on Anna Evfimovna Konstantinova (1876 – 1962) – seurakunnan pitkäaikainen rahastonhoitaja, jonka työpanosta on palkittu metropoliitta Evlogiin myöntämällä Seurakunnan kunniavaltuutettu –tittelillä. Lukijatar Evgenija Vladimirovna Grebner (1894 – 1975) työskenteli koko elämänsä seurakunnassa sen perustamisesta lähtien. Samassa joukossa ovat kanttori Sergei Tihonovich Putilin (1868 – 1950) ja Aleksander Aleksandrovich Lozinski-Kovan’ko (1898 – 1955). Kuuluisa kirkonmuusikin säveltäjä Aleksei Ivanovich Krasnostovski (1880 – 1965) palveli pitkään seurakunnan kanttorina. Muistamme rukouksissamme kaikkia nimiltään tuntemia ja tuntemattomia; kaikkia lahjoittajia, työntekijöitä ja hyväntekijöitä. Heidän sielunsa tulevat hyvyydessä olemaan ja heidän muistonsa pysyy polvesta polveen.